COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 14.186315 9.753796 9.921910
2020-10-18 17:00:00 12.249618 12.249618 9.718275
2020-10-17 17:00:00 10.573331 10.573331 9.476828
2020-10-16 17:00:00 10.833099 10.833099 9.223456
2020-10-15 17:00:00 8.934262 8.934262 8.948531
2020-10-14 17:00:00 8.369767 8.369767 8.590238
2020-10-13 17:00:00 8.398804 8.398804 8.205739

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 11.839166 11.839166 10.675918
2020-10-18 17:00:00 10.940594 10.940594 10.313290
2020-10-17 17:00:00 9.284818 9.284818 10.048713
2020-10-16 17:00:00 8.286778 12.100612 9.753481
2020-10-15 17:00:00 10.712401 13.875598 9.436690
2020-10-14 17:00:00 8.848315 8.848315 8.977804
2020-10-13 17:00:00 8.133705 8.133705 8.585505

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 5.405405 2.251791 3.386189
2020-10-18 17:00:00 5.052632 5.052632 3.188565
2020-10-17 17:00:00 5.121294 5.121294 3.016880
2020-10-16 17:00:00 5.107527 5.107527 2.848956
2020-10-15 17:00:00 3.752535 3.752535 2.700878
2020-10-14 17:00:00 0.929752 0.929752 2.552632
2020-10-13 17:00:00 0.666112 0.666112 2.344284

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 7.317073 7.317073 3.421077
2020-10-18 17:00:00 3.309291 3.309291 3.292013
2020-10-17 17:00:00 3.136470 3.136470 3.183719
2020-10-16 17:00:00 3.698332 3.698332 3.054891
2020-10-15 17:00:00 1.992846 1.992846 2.902622
2020-10-14 17:00:00 2.464066 2.464066 2.733199
2020-10-13 17:00:00 1.846412 1.846412 2.577619

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 16.147998 16.147998 12.215007
2020-10-18 17:00:00 13.948302 13.948302 11.815015
2020-10-17 17:00:00 12.340277 12.340277 11.451327
2020-10-16 17:00:00 11.115029 11.115029 11.165260
2020-10-15 17:00:00 10.156813 10.156813 10.882007
2020-10-14 17:00:00 10.114999 10.114999 10.599284
2020-10-13 17:00:00 8.879877 8.879877 10.379348

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 14.345114 14.345114 8.819853
2020-10-18 17:00:00 8.804821 8.804821 8.637485
2020-10-17 17:00:00 11.120749 11.120749 8.405098
2020-10-16 17:00:00 9.324649 9.324649 8.128020
2020-10-15 17:00:00 7.040721 7.040721 7.744258
2020-10-14 17:00:00 4.319572 4.319572 7.419353
2020-10-13 17:00:00 7.611607 7.611607 7.074284

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 13.910355 13.910355 9.310946
2020-10-18 17:00:00 14.622642 14.622642 9.195259
2020-10-17 17:00:00 11.337407 11.337407 8.808689
2020-10-16 17:00:00 9.723041 9.723041 8.626623
2020-10-15 17:00:00 6.595538 6.595538 8.212252
2020-10-14 17:00:00 7.407407 7.407407 7.754044
2020-10-13 17:00:00 3.865717 3.865717 7.422096

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 7.425860 7.425860 5.576846
2020-10-18 17:00:00 6.861005 4.697509 5.398776
2020-10-17 17:00:00 4.297635 7.976248 5.221108
2020-10-16 17:00:00 4.908923 4.908923 5.052282
2020-10-15 17:00:00 4.837527 4.837527 4.885736
2020-10-14 17:00:00 4.918033 4.918033 4.736840
2020-10-13 17:00:00 4.715368 4.715368 4.565179

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 35.032538 35.032538 21.106715
2020-10-18 17:00:00 24.198823 24.198823 20.864056
2020-10-17 17:00:00 21.531323 21.531323 20.024743
2020-10-16 17:00:00 23.722628 23.722628 19.368465
2020-10-15 17:00:00 18.477331 18.477331 18.404159
2020-10-14 17:00:00 17.779961 17.779961 17.562119
2020-10-13 17:00:00 16.635653 16.635653 16.720650

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 17.062810 9.328688 11.837856
2020-10-18 17:00:00 14.673967 14.673967 11.703352
2020-10-17 17:00:00 14.985656 14.985656 11.435399
2020-10-16 17:00:00 12.834253 12.834253 11.031551
2020-10-15 17:00:00 10.173245 10.173245 10.627541
2020-10-14 17:00:00 10.026643 10.026643 10.070542
2020-10-13 17:00:00 9.446340 9.446340 9.525587

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 14.121037 14.121037 9.376137
2020-10-18 17:00:00 12.274368 6.919374 9.228388
2020-10-17 17:00:00 9.909910 9.909910 9.038072
2020-10-16 17:00:00 9.655751 9.655751 8.737275
2020-10-15 17:00:00 9.648518 9.648518 8.483373
2020-10-14 17:00:00 9.341587 9.341587 8.168735
2020-10-13 17:00:00 9.172260 9.172260 7.837327

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 5.163043 5.163043 5.215499
2020-10-18 17:00:00 2.681231 5.084746 5.270184
2020-10-17 17:00:00 6.863780 5.208333 5.117049
2020-10-16 17:00:00 3.954802 3.954802 4.972770
2020-10-15 17:00:00 3.318584 5.681818 4.761008
2020-10-14 17:00:00 5.056180 5.056180 4.494660
2020-10-13 17:00:00 9.333333 9.333333 4.185971

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 10.841837 10.841837 13.529762
2020-10-18 17:00:00 17.082917 17.082917 13.290654
2020-10-17 17:00:00 16.298633 16.298633 12.962747
2020-10-16 17:00:00 11.840888 11.840888 12.705588
2020-10-15 17:00:00 10.913140 10.913140 12.132479
2020-10-14 17:00:00 17.366947 17.366947 11.636899
2020-10-13 17:00:00 7.943925 7.943925 11.076918

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 27.335640 27.335640 13.699412
2020-10-18 17:00:00 16.551724 16.551724 13.073941
2020-10-17 17:00:00 13.804714 13.804714 12.492474
2020-10-16 17:00:00 18.137255 7.843137 12.042296
2020-10-15 17:00:00 15.816327 15.816327 11.524837
2020-10-14 17:00:00 5.078809 5.078809 11.108385
2020-10-13 17:00:00 9.427609 9.427609 10.692930

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 15.225196 15.225196 16.803761
2020-10-18 17:00:00 16.322674 16.322674 16.248249
2020-10-17 17:00:00 21.255194 21.255194 15.742737
2020-10-16 17:00:00 20.732323 20.732323 15.397554
2020-10-15 17:00:00 13.579598 13.579598 14.956971
2020-10-14 17:00:00 25.240263 25.240263 14.437281
2020-10-13 17:00:00 17.390012 17.390012 13.833213

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 15.300286 15.300286 9.238506
2020-10-18 17:00:00 14.346997 14.346997 8.851228
2020-10-17 17:00:00 9.618027 9.618027 8.425911
2020-10-16 17:00:00 7.819136 7.819136 8.117914
2020-10-15 17:00:00 7.152797 7.152797 7.883596
2020-10-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.607762
2020-10-13 17:00:00 4.245283 5.348388 7.241289

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 7.740993 7.740993 6.562995
2020-10-18 17:00:00 12.150026 7.554147 6.718988
2020-10-17 17:00:00 4.765396 4.765396 6.856462
2020-10-16 17:00:00 6.487805 6.487805 6.903756
2020-10-15 17:00:00 7.808564 5.604534 7.000812
2020-10-14 17:00:00 6.259620 6.259620 7.045455
2020-10-13 17:00:00 7.343312 7.343312 6.958391

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 18.054863 7.978841 8.575905
2020-10-18 17:00:00 12.356257 12.356257 8.389175
2020-10-17 17:00:00 9.335692 9.335692 8.170214
2020-10-16 17:00:00 11.123941 6.966898 7.929773
2020-10-15 17:00:00 8.600992 8.600992 7.672449
2020-10-14 17:00:00 8.329540 8.329540 7.424199
2020-10-13 17:00:00 6.416907 6.416907 7.128455

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 13.736417 13.736417 10.017917
2020-10-18 17:00:00 10.087963 10.087963 9.647027
2020-10-17 17:00:00 9.533623 11.413361 9.328223
2020-10-16 17:00:00 10.033223 10.033223 9.010556
2020-10-15 17:00:00 7.374032 7.374032 8.675003
2020-10-14 17:00:00 7.765024 7.765024 8.294377
2020-10-13 17:00:00 8.897127 8.897127 7.931136

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 27.110390 8.814991 9.131246
2020-10-18 17:00:00 17.937466 9.160724 9.009841
2020-10-17 17:00:00 9.990253 9.990253 8.984996
2020-10-16 17:00:00 13.561644 13.561644 8.954042
2020-10-15 17:00:00 13.377416 7.604273 8.799178
2020-10-14 17:00:00 7.106855 7.106855 8.605873
2020-10-13 17:00:00 9.791217 9.791217 8.331962

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 53.784861 20.717131 26.076509
2020-10-18 17:00:00 28.627451 28.627451 25.205517
2020-10-17 17:00:00 31.075697 31.075697 25.094220
2020-10-16 17:00:00 25.233645 25.233645 24.576455
2020-10-15 17:00:00 29.130435 29.130435 23.749253
2020-10-14 17:00:00 27.205882 27.205882 22.738559
2020-10-13 17:00:00 18.232044 18.232044 21.738168

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-19 17:00:00 25.730395 25.730395 15.698373
2020-10-18 17:00:00 21.396095 21.396095 15.027923
2020-10-17 17:00:00 16.702633 16.702633 14.371921
2020-10-16 17:00:00 30.890742 30.890742 13.836101
2020-10-15 17:00:00 8.291874 8.291874 13.082131
2020-10-14 17:00:00 8.025898 8.025898 12.209927
2020-10-13 17:00:00 26.766004 26.766004 11.520148

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.839166 11.839166 10.675918
Basilicata 5.405405 2.251791 3.386189
Calabria 7.317073 7.317073 3.421077
Campania 16.147998 16.147998 12.215007
Emilia-Romagna 14.345114 14.345114 8.819853
Friuli Venezia Giulia 13.910355 13.910355 9.310946
Lazio 7.425860 7.425860 5.576846
Liguria 35.032538 35.032538 21.106715
Lombardia 17.062810 9.328688 11.837856
Marche 14.121037 14.121037 9.376137
Molise 5.163043 5.163043 5.215499
P.A. Bolzano 10.841837 10.841837 13.529762
P.A. Trento 27.335640 27.335640 13.699412
Piemonte 15.225196 15.225196 16.803761
Puglia 15.300286 15.300286 9.238506
Sardegna 7.740993 7.740993 6.562995
Sicilia 18.054863 7.978841 8.575905
Toscana 13.736417 13.736417 10.017917
Umbria 27.110390 8.814991 9.131246
Valle d'Aosta 53.784861 20.717131 26.076509
Veneto 25.730395 25.730395 15.698373

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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